北京8月4日電 (記者 孫自法)在生命科學領域,基因組編輯技術的迅速發展和廣泛應用,為基礎研究和應用開發提供強大的技術支撐。不過,大片段DNA(脫氧核糖核酸)編輯一直面臨重大挑戰,對數千乃至數百萬鹼基的精準操縱更是基因編輯領域的核心難題,備受關注。 育種和基因治療有巨大應用潛力 來自中國科學院遺傳與發育生物學研究所(遺傳發育所)的消息說,該所高彩霞研究員團隊最新研發出一種新型可編程的染色體編輯技術(Programmable Chromosome Engineering,PCE)。該技術在動植物中實現了從千鹼基到兆鹼基級別DNA的多類型染色體精準操縱,顯著提升了真核生物基因組的操縱尺度和能力。 利用大片段DNA精準操縱技術,研究人員不僅能實現多基因疊加編輯,還可通過操控基因組結構變異,為作物性狀改良和遺傳疾病治療開闢新路徑。同時,該技術有望推動新型育種策略的發展,例如通過操縱遺傳連鎖、調控重組頻率實現育性控制,以及消除連鎖累贅,充分釋放野生種質資源中優異等位基因的育種潛力。此外,精準染色體編輯技術的突破將加速人工染色體構建,在合成生物學等新興領域也有重要的應用前景。 本項研究PCE系統的開發和精準染色體編輯示意圖。中國科學院遺傳發育所 供圖 這項攻克大片段DNA精準編輯的重要成果論文,北京時間8月4日深夜在國際知名學術期刊《細胞》(Cell)上線發表。審稿人評價認為,中國團隊發表的研究工作,代表了基因工程領域的重大突破,在育種和基因治療方面具有巨大的應用潛力。 系統應用受到3個關鍵問題制約 論文通訊作者高彩霞研究員介紹說,以基因編輯工具CRISPR及其衍生技術為代表的編輯系統,通過可編程的嚮導RNA(核糖核酸)引導Cas9等核酸酶靶向基因組特定位點,已廣泛應用於特定鹼基和短片段DNA的精準編輯。但針對大片段DNA編輯,現有工具在編輯效率、尺度、精準性及類型多樣性等方面仍存在明顯不足。 研究團隊發現,位點特異性重組酶(Cre-Lox)系統具有染色體水平DNA操縱潛力,其原理是在基因組中引入Lox序列後,由Cre重組酶介導Lox位點之間的DNA重組來實現全基因組範圍內的遺傳操縱。 然而,Cre-Lox系統的應用受到3個關鍵問題的制約:Lox位點固有的對稱性導致重組反應可逆,不利於目的編輯的發生;Cre酶作為四聚體工作,提升其活性的工程改造難度高;重組後特異性位點殘留,影響編輯的精準性。 構建兩個可編程染色體編輯系統 高彩霞指出,為逐一突破上述限制,在本項研究中,研究團隊構建出系統性技術路徑:首先,開發高通量重組位點快速改造平臺,並提出不對稱Lox位點設計原則,成功創製新型Lox變體,保持高效重組效率的同時將可逆重組活性降低至陰性對照水平。 其次,基於研究團隊此前自主開發的融合蛋白通用逆摺疊模型、結構與進化約束信息的蛋白定向進化平臺AiCE,實現對Cre蛋白多聚化界面的精準優化,獲得重組效率提升至3.5倍的工程化Cre蛋白變體。 最後,研究團隊創建並優化了重組酶的無痕編輯策略Re-pegRNA,利用引導編輯器的高效編輯特性,通過設計特異性pegRNA對重組後殘留的Lox位點進行「重引導編輯」,將其精準替換為原有基因組序列。 通過這三項技術的集成優化,研究團隊成功構建PCE與RePCE兩個可編程染色體編輯系統,可對不同Lox位點的插入位置和方向進行靈活編程,實現鹼基從千比特(kb)到兆比特(Mb)尺度的大片段DNA精準無痕操縱。 研究團隊表示,他們在動植物細胞中,利用新研發的系統已成功實現18.8 kb超大片段DNA的定點整合、5 kb序列的定向替換、12 Mb的染色體倒位、4 Mb的染色體刪除及整條染色體的易位。他們還利用新型大片段DNA精準操縱技術,成功創製含315 kb精準倒位的抗除草劑水稻種質,展示出其廣泛應用前景。 據了解,AiCE成果7月上旬已在線發表於《細胞》,並將與此次研究成果以背靠背形式於8月下旬在《細胞》紙質版正式刊出。(完)
鬱鬱蔥蔥的芭蕉樹上,深綠色的芭蕉長勢喜人;一串串木瓜掛在枝頭,底部的已開始成熟,泛出誘人的橙色;架子上爬著茂盛的藤蔓,藤蔓上掛著一個個黃綠色的「小燈籠」——黃金百香果,摘一個掐開,果香四溢,入口清甜無比;還有蓮霧、荔枝、芭樂等熱帶水果……很難想像,這樣一片「熱帶雨林」式的果園,竟然就在上海。走進位於崇明區中興鎮的太和·好時節智慧農場溫室大棚,熱帶氣息撲面而來。依託農業科技支撐,本不屬於上海的熱帶水果成功「落戶」,實現「一方水土產多方果」。記者了解到,果園裡第一批黃金百香果、木瓜到下月即可成熟,地產香蕉、芒果等,到今年10月亦可成熟上市。 木瓜熱帶水果長勢喜人太和·好時節田園綜合體示範項目總佔地540多畝,其中一期330多畝,二期200多畝。除了開展區域水環境改造等生態治理,項目最大亮點是開展了「南果北移」——把10多種熱帶水果帶到上海崇明種植。在農場溫室大棚內,記者日前看到芭蕉、香蕉、百香果、芭樂等水果多呈青綠色,只有木瓜已有部分成熟。「現在還不到上市的時候。這個基地的香蕉、木瓜等是去年國慶節才開始種植的,百香果是今年春天開始種的。到九十月份,這些水果都會陸陸續續成熟。」農場負責人莫偉告訴記者。這些熱帶水果,有望極大豐富今年秋天崇明乃至上海的地產水果品類。莫偉表示,農場內種有15畝黃金百香果,畝產可達1噸以上,木瓜、芭蕉、香蕉畝產量也很大。以香蕉為例,單棵香蕉樹可產香蕉70千克左右,一畝地可種植60棵香蕉樹,一年可種三批。這樣一算,農場的香蕉畝產可超12噸。 百香果「到今年秋天,我們一方面準備推出採摘體驗的農旅融合項目,歡迎市民遊客前來感受熱帶風情,另一方面也準備和商超合作,將這些地產香蕉等水果送進商超進行售賣。」莫偉告訴記者,和目前上海市場上的其他香蕉不同,這些地產香蕉不用在六七分熟時就被採摘、然後經過長途跋涉再到達商超和水果攤,而是可以在樹上長至九成熟以上再被採摘,所以口感也會更軟糯香甜,價格也會比市場上的香蕉略貴一些。魚類「活化石」在果樹下遊動在農場溫室大棚內,記者還看到一幕奇景:一汪魚塘竟然也在大棚裡,池底綠藻隨水流輕輕擺動,一群樣貌奇特的魚悄然穿梭其中,它們身形修長,嘴部長而扁平。「這是鴨嘴魚,就像魚頭上長了個扁扁的鴨子嘴巴一樣,學名叫匙吻鱘。」莫偉告訴記者,鴨嘴魚和鱘魚同屬於古老的硬骨魚類——鱘形目,是現存「最接近遠古魚類」的一支,有「活化石」之譽。鴨嘴魚最顯著的特徵是它的扁平長吻,佔整個身體長度的三分之一,其表面布滿感應細胞,用於覓食和探測環境。這是一種濾食性魚類,喜歡在清潔的淡水水域中生活,它們會吃掉水裡看不見的浮遊動物,如同「水中吸塵器」。一條成年鴨嘴魚一天可過濾數十萬升水體,有淨化水體的功能。除了生態價值,鴨嘴魚的經濟價值也很高。「鴨嘴魚全身都是寶。它可以當作觀賞魚,也可以被食用,這種魚沒有小刺,魚肉的口感細膩彈牙。等到鴨嘴魚性成熟後,產出的魚卵還可以製成魚子醬。今後市民遊客還可來農場體驗釣鴨嘴魚,釣到魚後我們現場烹飪,整條魚清蒸是最原汁原味、最鮮美的做法。」莫偉說。科技讓農業實現諸多「不可能」太和·好時節智慧農場能實現「南果北移」「林下養魚」的關鍵,是科技賦能。「我們通過精準滴灌、水肥一體化、電子溫室數控等技術,在大棚內實現了高富氧環境,模擬熱帶雨林氣候,以此打破物種地域和季節限制,讓熱帶水果茁壯生長。」莫偉說。設施農業升級之餘,太和·好時節智慧農場還引用並改造了獨特的基塘農業模式。莫偉告訴記者,「果基魚塘」是基塘農業的典型模式之一,指在低洼處挖塘養魚,堆積塘泥成基,基面種植果樹,形成循環系統。「我們把這種模式搬到了日光大棚內,鴨嘴魚穿梭在林間,可啄食自然落葉、落花、落果,而鴨嘴魚的排洩物,正好可以當做熱帶植物生長的天然肥料,實現養魚與種果樹的雙重收益。」崇明區中興鎮靠近上海長江大橋,區位優勢明顯,鎮域內民宿產業也有一定知名度。中興鎮相關負責人告訴記者,太和·好時節智慧農場將有望進一步帶動周邊農文旅綜合發展,「一方面持續豐富地產農產品品類、提高農產品品質,另外也將吸引來更多研學、農事採摘體驗等客流,為鄉村振興增添更多活力。」
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