北京8月4日電 (記者 孫自法)在生命科學領域,基因組編輯技術的迅速發展和廣泛應用,為基礎研究和應用開發提供強大的技術支撐。不過,大片段DNA(脫氧核糖核酸)編輯一直面臨重大挑戰,對數千乃至數百萬鹼基的精準操縱更是基因編輯領域的核心難題,備受關注。 育種和基因治療有巨大應用潛力 來自中國科學院遺傳與發育生物學研究所(遺傳發育所)的消息說,該所高彩霞研究員團隊最新研發出一種新型可編程的染色體編輯技術(Programmable Chromosome Engineering,PCE)。該技術在動植物中實現了從千鹼基到兆鹼基級別DNA的多類型染色體精準操縱,顯著提升了真核生物基因組的操縱尺度和能力。 利用大片段DNA精準操縱技術,研究人員不僅能實現多基因疊加編輯,還可通過操控基因組結構變異,為作物性狀改良和遺傳疾病治療開闢新路徑。同時,該技術有望推動新型育種策略的發展,例如通過操縱遺傳連鎖、調控重組頻率實現育性控制,以及消除連鎖累贅,充分釋放野生種質資源中優異等位基因的育種潛力。此外,精準染色體編輯技術的突破將加速人工染色體構建,在合成生物學等新興領域也有重要的應用前景。 本項研究PCE系統的開發和精準染色體編輯示意圖。中國科學院遺傳發育所 供圖 這項攻克大片段DNA精準編輯的重要成果論文,北京時間8月4日深夜在國際知名學術期刊《細胞》(Cell)上線發表。審稿人評價認為,中國團隊發表的研究工作,代表了基因工程領域的重大突破,在育種和基因治療方面具有巨大的應用潛力。 系統應用受到3個關鍵問題制約 論文通訊作者高彩霞研究員介紹說,以基因編輯工具CRISPR及其衍生技術為代表的編輯系統,通過可編程的嚮導RNA(核糖核酸)引導Cas9等核酸酶靶向基因組特定位點,已廣泛應用於特定鹼基和短片段DNA的精準編輯。但針對大片段DNA編輯,現有工具在編輯效率、尺度、精準性及類型多樣性等方面仍存在明顯不足。 研究團隊發現,位點特異性重組酶(Cre-Lox)系統具有染色體水平DNA操縱潛力,其原理是在基因組中引入Lox序列後,由Cre重組酶介導Lox位點之間的DNA重組來實現全基因組範圍內的遺傳操縱。 然而,Cre-Lox系統的應用受到3個關鍵問題的制約:Lox位點固有的對稱性導致重組反應可逆,不利於目的編輯的發生;Cre酶作為四聚體工作,提升其活性的工程改造難度高;重組後特異性位點殘留,影響編輯的精準性。 構建兩個可編程染色體編輯系統 高彩霞指出,為逐一突破上述限制,在本項研究中,研究團隊構建出系統性技術路徑:首先,開發高通量重組位點快速改造平臺,並提出不對稱Lox位點設計原則,成功創製新型Lox變體,保持高效重組效率的同時將可逆重組活性降低至陰性對照水平。 其次,基於研究團隊此前自主開發的融合蛋白通用逆摺疊模型、結構與進化約束信息的蛋白定向進化平臺AiCE,實現對Cre蛋白多聚化界面的精準優化,獲得重組效率提升至3.5倍的工程化Cre蛋白變體。 最後,研究團隊創建並優化了重組酶的無痕編輯策略Re-pegRNA,利用引導編輯器的高效編輯特性,通過設計特異性pegRNA對重組後殘留的Lox位點進行「重引導編輯」,將其精準替換為原有基因組序列。 通過這三項技術的集成優化,研究團隊成功構建PCE與RePCE兩個可編程染色體編輯系統,可對不同Lox位點的插入位置和方向進行靈活編程,實現鹼基從千比特(kb)到兆比特(Mb)尺度的大片段DNA精準無痕操縱。 研究團隊表示,他們在動植物細胞中,利用新研發的系統已成功實現18.8 kb超大片段DNA的定點整合、5 kb序列的定向替換、12 Mb的染色體倒位、4 Mb的染色體刪除及整條染色體的易位。他們還利用新型大片段DNA精準操縱技術,成功創製含315 kb精準倒位的抗除草劑水稻種質,展示出其廣泛應用前景。 據了解,AiCE成果7月上旬已在線發表於《細胞》,並將與此次研究成果以背靠背形式於8月下旬在《細胞》紙質版正式刊出。(完)
我們很多人都養成了開倍速聽播客、有聲書和其他在線內容的習慣。對年輕人來說,這也許已經成了常態。舉個例子,一項針對美國加利福尼亞州學生的調查表明,89%的學生會把在線講座的錄播視頻調成倍速觀看。同時,有許多媒體文章描述了倍速瀏覽的普遍性。 開倍速的好處顯而易見:你可以在同樣的時間內消費更多的內容,或者通過反覆觀看同樣的內容來加深理解。 這在教育層面尤為重要,因為學生可以騰出時間去鞏固知識、做模擬考試等。而且,開倍速或許也可以讓人全程集中注意力、全情投入,避免走神。 但這樣做的壞處呢?其實也不少。 研究人員發現,一個人接收到口語信息並形成記憶,需要經歷三個階段:編碼信息,存儲信息,以及之後的檢索信息。在編碼階段,大腦需要一定的時間去處理和理解剛剛輸入的語音,大腦必須實時地從記憶裡提取出字詞以及它們的語境含義。 人們的講話速度通常在每分鐘150詞左右,即便語速達到它的兩倍(300詞/分)或三倍(450詞/分),也是在人類可理解的範圍內。但主要的問題在於我們所形成記憶的質量和持久性。 我們接收到的信息會被臨時存儲在一個名為工作記憶(working memory)的記憶系統裡。它可以將大量的信息進行轉換、組合,並形成可存入長期記憶的形式。由於工作記憶的容量是有限的,所以如果我們短時間內接收到太多信息,可能會超過它的負荷。這會導致認知過載和信息流失。 倍速瀏覽與大腦信息提取 近期,記憶研究領域的一項薈萃分析調查了24項關於學習講座視頻的研究。這些研究的設計各不相同,但總的來說都把參與者分為了兩組,其中一組原速(1×)觀看講座視頻,另一組開倍速(1.25×,1.5×,2×和2.5×)觀看同一個講座視頻。 與醫學中用於檢驗療效的隨機對照試驗一樣,參與者被隨機分到了兩組中的其中一組。觀看視頻後,兩組完成了同樣的測試,以檢驗他們對視頻材料的掌握程度。這些測試要麼要求他們回憶信息,要麼用選擇題考察記憶,或兩者結合。 這項薈萃分析表明,以越高的倍速看視頻,測試表現越差。1.5倍速的影響微乎其微,但2倍速及以上的影響顯著。 具體來說,如果一批學生的平均分是75%,且通常情況下會上下浮動20%,那麼把觀看視頻的速度提到1.5倍速則會把平均值拉低2%。而2.5倍速則會導致17%的降幅。 老年群體 有趣的是,該薈萃分析中的一項研究還調查了老年人(61~94歲),結果發現他們比年輕人(18~36歲)更容易受到倍速看視頻的影響。這也許反映了記憶容量在健康人群體中也會隨著年齡而衰減,這表明老年人更應該原速觀看甚至減速觀看視頻來彌補不足。 不過,我們尚不清楚是否可以通過頻繁地開倍速播放視頻來減少它帶來的壞處。也就是說,有一種可能性是年輕人只不過是更經常開倍速,因此能更好地應對增加的認知負荷。同樣,這也意味著我們無法確定年輕人是否可以通過經常開倍速來減輕這種行為對信息記憶能力的負面影響。 另一個尚不明確的點是,開倍速播放視頻是否會對心智功能與大腦活動造成長期影響。理論上,這些影響可能是積極的,比如提高一個人應對認知負荷的能力。這些影響也可能是負面的,比如更大的認知負荷可能引發精神疲勞,但我們仍然沒有科學證據來解答這些疑問。 最後一個現象是,雖然開1.5倍速不會影響記憶能力,但是有證據表明人們的觀看體驗會有所下降。這也許會影響到人們學新東西的動力和體驗,可能讓他們找到更多藉口來逃避學習。另一方面,開倍速已然成為常態,因此也許當人們習慣這樣做之後,就不會有什麼大問題——希望我們在未來的幾年裡能更好地理解這些過程。
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